Toskana, Anfang des 17. Jahrhunderts. Es grassiert die Pest und die Menschen klammern sich an einen strengen Gottesglauben. Benedetta kommt als junge Klosterschülerin in einen Konvent in Pescia. Schon als Kind hat sie eine besondere mystische Gabe und so bekommt sie auch im Kloster mit der Zeit den Ruf einer Mystikerin und göttlichen Visionärin.

Als die junge Schwester Bartholomea neu ins Kloster kommt, spürt Benedetta sich sofort zu ihr hingezogen, kann diese Gefühle zunächst jedoch nicht einordnen. Zwischen den beiden Nonnen entwickelt sich schließlich eine erotische Beziehung, die sie in große Gefahr bringt. Denn selbst Benedettas hohes Ansehen in der Kirche kann die beiden nicht mehr vor Bestrafung schützen, nachdem die Priorin ihnen auf die Schliche kommt.

Der Film basiert auf der wahren Geschichte von Benedetta Carlini (1590–1661), einer katholischen Nonne, Äbtissin und Mystikerin, die wegen eines lesbischen Verhältnisses verurteilt und eingekerkert wurde.